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Face à l'emploi croissant de laits infantiles à base de soja, certains médecins déconseillent même l'usage de ces préparations avant l'âge de 3 ans.

Ces laits de soja contiennent des quantités élevées d'isoflavones, également appelées phytoestrogènes, alors que le lait maternel et le lait de vache n'en contiennent que de petites quantités. Un nourrisson de 4 mois, alimenté exclusivement avec une préparation à base de protéines de soja, peut ainsi recevoir 4 à 9 mg d'isoflavones par kilo et par jour, alors qu'on recommande de ne pas dépasser 1 mg par kilo et par jour.

Or de nombreux travaux expérimentaux montrent que les phytoestrogènes ont des effets sur le développement et le fonctionnement neuroendocrinien et immunitaire dans différentes espèces animales. Des répercussions sur l'installation de la puberté, la fertilité et sur le fonctionnement thyroïdien ont également été constatées chez l'animal.

Jusqu'à présent, aucune conséquence particulière sur la croissance et le développement endocrinien n'a été observée chez des nourrissons ayant été nourris au lait de soja. Toutefois, on ne dispose pas d'études à long terme, ce qui laisse la place à des incertitudes concernant les effets au long cours de fortes doses ingérées de façon prolongée et très répétée par les nourrissons.